يعد نظام الفلترة أو الترشيح جانباً مهماً جداً من نظام أحواض السمك، هناك ثلاث مكونات رئيسية لعملية الفلترة أو الترشيح مكيانيكية، وكيميائية، وبيولوجية، ويمكن أيضاً إضافة أجهزة للتعقيم مثل جهاز الأشعة فوق البنفسجية UV أو مولد غاز الأوزون.

   الترشيح الميكانيكي:

 يحبس الترشيح الميكانيكي المواد الصلبة الكبيرة الحجم نسبياً، باستخدام وسائط مثل جوارب الترشيح أو الإسفنج أو أنواع خاصة من الأنسجة القطنية المصنعة خصيصاً لهذا الغرض، تعتبر هذه المرحلة من الترشيح عنصرًا حاسمًا في الحفاظ على جودة المياه في أحواض السمك، و هي التي تلعب دورًا حاسمًا في الحفاظ على جودة المياه في الأحواض، إذ بالتقاط ها الجسيمات غير الذائبة بكفاءة من مياه الحوض والتي تشمل براز السمك، بقايا الأطعمة، والمخلفات العضوية، فهي تحد من تراكم النترات، وعلى الرغم من أنها لا تزيل النترات مباشرة، إلا أنها تزيل بشكل فعال النفايات العضوية والجسيمات غير الذائبة والتي تتحلل في النهاية وتطلق النترات، ومن خلال حبس تلك الجسيمات، فإنها تبطئ معدل تراكم النترات في مياه الحوض.

    يجب الأخذ بعين الإعتبار إجراء الصيانة الدورية لهذه المواد وتنظيفها بين الحين والآخر أو استبدالها حسب الحاجة للحفاظ عليها من الإنسداد أو من تناقص كفاءتها.

نماذج متعددة من وسائط الترشيح الميكانيكي.

   الترشيح الكيميائي:

يتم الترشيح الكيميائي بواسطة عملية الإمتزاز أو الإمتصاص (وهي تراكم ذرات أو جزيئات سائل ما يدعى الممتَز على سطح مادة صلبة تسمى المازّ) لإزالة بعض المواد الذائبة من الماء، غالباً ما يستخدم الفحم النشط في الترشيح الكيميائي لأنه مسامي جداً وبالتالي يحتوي على مساحة سطح كبيرة، كما تستخدم مادة الريزين أو الصلصال، ولكن مجمل هذه المواد لديها عمر محدود وبغض النظر عن الغرض منها، فيجب إستبدالها بشكل منتظم.

نماذج لمواد الترشيح الكيميائي.

   الترشيح البيولوجي:

الترشيح البيولوجي هو العملية التي يتم فيها تحويل الأمونيا NH4 الناتجة عن فضلات السمك وهي مادة شديدة السمية للأسماك فتتحول إلى نتريت NO2 وهي مادة سامة أيضاً للأسماك ثم يتحول النتريت بدوره إلى نترات NO3 بواسطة البكتريا المفيدة، أما النترات فهو أقل سمية بكثير للأسماك، إلا في المستويات المرتفعة للغاية، ويزال النترات من الماء بواسطة النباتات المزروعة في الحوض وعن طريق التبديل الدوري والجزئي لماء الحوض، وتعرف هذه العملية باسم النترجة، أو الدورة النتروجينية (Nitrogen cycle).

وسائط الترشيح البيولوجي.

دورة النتروجين في حوض الأسماك.